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法律研究什麼是限制性位點相關DNA (RAD)標記
介紹
限制性位點是DNA上被限制性內切酶識別並切割成較小片段的獨特位點。它們也被稱為識別位點。這些限制性位點及其識別徹底改變了基因工程和克隆技術領域。在此基礎上開發了多種分子標記。
在本系列中，近年來開發了限制性位點相關DNA (RAD) 標記，這些標記已用於確定單核苷酸多型性和構建遺傳圖譜。與特定限制性內切酶相關的每個位點都可以透過這些短的RAD標籤在基因組範圍內表示。
限制性位點相關DNA (RAD) 標籤
RAD標籤是從RAD位點獲得的，通常是透過特定方法擴增的DNA片段，以產生RAD文庫。該文庫包含許多RAD標籤。這些標籤用於數量性狀基因座分析（QTL）和SNP分析。
RAD標記於2006年由Eric Johnson和William Cresko在果蠅（D. melanogaster）中首次透過DNA微陣列鑑定，後來被用作下一代標記。
RAD標籤的分離
RAD標籤最重要的方面之一是它使用側翼限制性位點的DNA序列，其密度取決於過程中使用的限制性內切酶型別。
還有其他方法，如AFLP和RFLP，它們使用限制性位點來檢測遺傳多型性，而RAD則使用簡化表示法來實現相同目的。
此過程的第一步涉及使用合適的限制性內切酶消化雙鏈DNA，以產生側翼序列。
在下一步中，將生物素化的介面卡新增到這些側翼序列中。生物素化是向蛋白質分子新增生物素的過程。生物素與親和素和鏈黴親和素具有非常高的親和力，可用作探針。
一旦片段被生物素化，它們就會受到剪下力的作用導致片段收縮，然後使用鏈黴親和素磁珠分離這些片段，並用於DNA微陣列分析。
但是，上述過程容易出錯，因此為了降低錯誤率並使其成為高通量方法，可以使用Illumina平臺代替生物素化分子。
此過程涉及使用合適的限制性內切酶消化DNA分子，然後將其與P1介面卡（第一個介面卡）連線。
連線後，對其施加剪下力以收縮DNA片段，然後將其與P2介面卡（第二個介面卡）連線。
當兩個介面卡都連線後，對片段進行PCR擴增，以特異性擴增包含兩個介面卡的片段。
P1介面卡具有分子識別符號，它只是一個小的DNA序列條形碼，用於識別在同一反應中測序和合並的DNA樣本。
RAD標記的鑑定
分離RAD標記後，可用於檢測單核苷酸多型性。限制性位點相關標記是DNA上的這些多型性位點。
早些時候，RAD標籤與微陣列的雜交用於檢測RAD標記，但由於微陣列的靈敏度較低，因此有可能破壞限制性位點並導致隨後丟失RAD標籤。為了避免這種情況，如今已使用高通量測序技術。
此外，獲得的遺傳標記密度遠低於高通量技術。
RAD標籤方法的改進
ddRAD測序
這裡dd代表雙酶切RAD測序方法。該技術於2012年開發，旨在降低傳統RAD標籤測序方法的成本。在這種方法中，使用兩種限制性內切酶代替一種，並且取代了用於DNA收縮的剪下步驟。
此方法可用於全基因組測序，以研究群體分化及其對特定條件的適應。
hyRAD方法
該方法於2016年開發，作為ddRAD方法的擴充套件。該方法非常強大，因為它有助於即使在DNA降解的情況下也對直系同源基因座進行測序。
在這種方法中，在透過ddRAD測序生成目標片段後，對鳥槍文庫進行富集，並將其用作雜交捕獲探針。
此方法不依賴於限制性位點的存在，並且對DNA中的基因座具有更好的覆蓋率。
RAD標記的應用
由於RAD標記具有成本效益和高通量，因此可用於研究數量性狀基因座、進化遺傳學、群體研究、關聯作圖和生態遺傳學。
它是流行的簡化表示文庫測序方法之一，它降低了基因組的複雜性，從而可以更好地覆蓋側翼限制性位點的片段。
結論
限制性位點相關技術是基因組測序的強大工具，與傳統的限制性相關技術（如RFLP、AFLP和RAPD）相比，它具有多種優勢，因為它可以同時檢測、驗證和評分標記。它甚至可以用於那些參考基因組不可用的生物體。
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